En 1917, alors responsable du Syndicat des instituteurs et institutrices, Hélène Brion se voit persécutée par le gouvernement Clemenceau. Jetée en prison, elle comparaît devant un Conseil de Guerre, une première pour une civile. Jugée pour défaitisme, son courage et son éloquence ébranlent le tribunal militaire. Elle et son avocat obtiennent le sursis, mais elle est privée de son métier d’institutrice pendant huit longues années.
Au cinquième jour du procès, l’accusée lit un long texte qu’elle a préparé pour sa défense, dont voici le début : « Je comparais ici comme inculpée d’un délit politique : or, je suis dépouillée de tous droits politiques (…). La loi devrait être logique et ignorer mon existence lorsqu’il s’agit de sanctions autant qu’elle l’ignore lorsqu’il s’agit de droits. Je proteste contre son illogisme. Je proteste contre l’application que l’on me fait des lois que je n’ai ni voulues, ni discutées. »
Elle s’éloigne ensuite peu à peu des appareils politiques et syndicaux - « N’ayons pas d’illusion pour notre libération, comptons sur nous-mêmes ! » - écrit-elle, mais son engagement, intense, en faveur de la cause des femmes et de leur émancipation se poursuit jusqu’à la fin de sa vie en 1962. La « Grande Encyclopédie Féministe », l’œuvre de toute sa vie, accueille les oubliées de l’Histoire. Restée à l’état de manuscrit elle recense plus de 11000 personnalités féministes du monde entier.
Hélène Brion reste l’une des leaders féministes les plus actives de son époque, avec Louise Saumoneau, Hubertine Auclert et Madeleine Pelletier.